熒光抗體技術(shù)在臨床檢驗(yàn)上已用作細(xì)菌、病毒和寄生蟲的檢驗(yàn)及自身免疫病的診斷等。在細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)中主要用于菌種的鑒定。標(biāo)本材料可以是培養(yǎng)物、感染組織、病人分泌排泄物等。本法較其他鑒定細(xì)菌的血清學(xué)方法速度快、操作簡單、敏感性高，但在細(xì)菌實(shí)驗(yàn)診斷中，一般只能作為一種補(bǔ)充手段使用，而不能代替常規(guī)診斷。熒光抗體染色法對(duì)腦膜炎奈氏菌、痢疾志賀菌、霍亂弧菌、布氏桿菌和炭疽桿菌等的實(shí)驗(yàn)診斷有較好效果。熒光間接染色法測定血清中的抗體，可用于流行病學(xué)調(diào)查和臨床回顧診斷。免疫熒光用于梅毒螺旋體抗體的檢測是梅毒特異性診斷常用方法之一。免疫熒光技術(shù)在病毒學(xué)檢驗(yàn)中有重要意義，因?yàn)槠胀ü鈱W(xué)顯微鏡看不到病毒，用熒光抗體染色法可檢出病毒及其繁殖情況。

　　在寄生蟲感染診斷中，間接熒光抗體染色法有非常廣泛的應(yīng)用。間接免疫熒光試驗(yàn)(IFAT)是當(dāng)前*的有效的檢測瘧疾抗體的方法。常用抗原為瘧疾患者血液中紅內(nèi)期裂殖體抗原。IFAT對(duì)腸外阿米巴、尤其是阿米巴肝膿腫也有很高的診斷價(jià)值，所用抗原是阿米巴培養(yǎng)物懸液或提取的可溶性抗原。

　　免疫熒光法還是檢測自身抗體的好工具，在自身免疫病的實(shí)驗(yàn)診斷中應(yīng)用廣泛。其突出優(yōu)點(diǎn)是能以簡單方法同時(shí)檢測抗體和與抗體起特異反應(yīng)的組織成分，并能在同一組織中同時(shí)檢查抗不同組織成分的抗體。熒光抗體主要有抗核抗體、抗平滑肌抗體和抗線粒體抗體等?？购丝贵w的檢測常采用鼠肝作核抗原，可做成冰凍切片、印片或勻漿。用組織培養(yǎng)細(xì)胞如Hep-2細(xì)胞或Hela細(xì)胞涂片還可檢出抗著絲點(diǎn)抗體、抗中性粒細(xì)胞漿抗體等。應(yīng)用免疫熒光技術(shù)可以檢出的其他自身抗體有抗(胃)壁細(xì)胞抗體、抗雙鏈DNA抗體、抗甲狀腺球蛋白抗體、抗甲狀腺微粒體抗體、抗骨髓肌抗體及抗腎上腺抗體等。

　　熒光抗體技術(shù)的一種特殊應(yīng)用是流式細(xì)胞分析。在這種分析方法中檢測儀器不是熒光顯微鏡，檢測對(duì)象不是固定了的標(biāo)本，而是將游離細(xì)胞作熒光抗體特異染色后，在特殊設(shè)計(jì)的儀器中通過噴嘴逐個(gè)流出，經(jīng)單色激光照射發(fā)出的熒光信號(hào)由熒光檢測計(jì)檢測，并自動(dòng)處理各處數(shù)據(jù)。這種方法可用于檢測細(xì)胞大小、折散率、粘滯度等，更常用于T細(xì)胞亞群等的檢測。